As atividades do CMS/Cerro Largo são administradas por um Núcleo de Coordenação, composta por 04 conselheiros titulares com a mesma representatividade dos segmentos que compõem o CMS, sendo (02 representantes dos usuários, 01 representante do governo ou prestador de serviço e 01 representante dos trabalhadores de saúde; 

A Mesa Diretora do CMS é integrada por: a) 01 Presidente; b) 01 Vice-Presidente; c) 1º Secretário; d) 2º Secretário. Eleita diretamente, entre os titulares, para um período de dois (02) anos, poderá ser reeleita uma (01) vez.  

 A Mesa Diretora do CMS terá as seguintes atribuições: a) Cumprir e fazer cumprir as deliberações do plenário e o Regimento Interno; b) Organizar a pauta das reuniões plenárias e elaborar as atas das mesmas; c) Convocar e dirigir as reuniões ordinárias e extraordinárias do CMS/Cerro Largo; d) Promover a implementação administrativa, econômico-financeira e técnica- operacional do CMS/Cerro Largo; e) Dar publicidade às atividades e deliberações do CMS/Cerro Largo; f) Representar o CMS/Cerro Largo diretamente ou por delegação.  .